La Médiation de France compétences a pour mandat de résoudre à l'amiable et gratuitement les différends entre les usagers du Conseil en Évolution Professionnelle (CEP), du Projet de Transition Professionnelle (PTP) et les opérateurs responsables de ces services. Sa mission s'étend également à l'explication des droits des usagers et des décisions qui leur sont rendues. La médiation adopte une approche équilibrée en droit et en équité pour s'assurer que les dossiers des usagers respectent la réglementation en vigueur. Son objectif est de garantir que seuls les projets conformes aux critères et aux priorités accèdent au financement. Elle intervient dans un cadre précis, où la Commission d’Instruction conserve sa souveraineté pour approuver ou rejeter les projets et leurs financements.